مصباح الهدایه
امام خمینی (ره) در کتاب «مصباح الهدایه»، تعریضی بر شعر مولوی دارند. ایشان در بیان ارتباط میان ابن‌عربی و ابن‌فارض مصری به داوری مي‌نشینند. در قسمتی از کلام خود، این گونه مي‌آورند که «ابن فارض در زمان سرودن کتاب «تائیه کبری» در حال جذبه و شور و در حالت سکر از عشق به حق و جذبات متوالیه توام با صحو به سر مي‌برده و توجه به طعام و آشامیدن نداشته است. این نباید مایه‌ي تعجب شود. چه آن که عارف واصلی است که درجات ولایت را پیموده و در حدی قرار گرفته است که از عهده بیان علوم و احوال و مقامات حضرت ختمی نبوت و ولایت به سهولت برآمده است. ... قدرت جبریل از مطبخ نبود/ بود از دیدار خلاق ودود.» (مصباح الهدایه، ص156)

این بیت از مولانا را امام خمینی (ره) در جاهای دیگری نیز به کار مي‌برد و به آن تمسک جسته است. بر اساس این بیت، مولانا معتقد است که انسانهای معنوی، ارتزاق از طریق طعام و شراب نمي‌کنند، بلکه از راه امور معنوی، کسب روزی مي‌کنند.

شرح دعای سحر
امام خمینی (ره) در کتاب «شرح دعای سحر» نیز از اشعار مولانا بهره مي‌برد: «کسانی که آمدنشان به این دنیا برای کاشتن بوده نه برای درو کردن، زیرا دنیا کشتگاه آخرت است. ورودشان به آن برای حرکت انعطافی‌ای بوده که انسان به واسطه آن حرکت انسان مي‌شود و از دنیا به وطن اصل‌ اش که جایگاه پدر ما، حضرت آدم (ع) بود بر مي‌گردد. در این ابیات مولوی به این مساله اشاره شده است: «بشنو از نی چون حکایت مي‌کند/ از جدایی‌ها شکایت مي‌کند» (شرح دعای سحر، ص147)

امام خمینی (ره) این بیت از مولوی را مستمسک سخن خود قرار مي‌دهند. این شعر در جای جای آثار امام خمینی (ره) تکرار شده است.
مرحوم امام در جای دیگری از کتاب «شرح دعای سحر» نیز اشارتی به مولوی مي‌کنند: «اصحاب سلوک و عرفان و مشایخ معرفت و صاحبان یقین در این مساله اختلاف دارند که آیا حقیقت واجب، جلّ سلطانه و بهّر برهانه عبارت است از وجود به شرط آن که اشیاء با او نباشد، یا آن که حقیقت واجب عبارت است از وجودی است که در همراه بودن اشیاء با او لابشرط است، یعنی طبیعت از حیث طبیعت بودن که از آن به وجود مطلق تعبیر مي‌شود، چنان که مولوی مي‌گوید:
ما عدمهاییم هستی‌ها نما / تو وجود مطلق و هستی ما". (شرح دعای سحر، ص118)

شرح حدیث جنود عقل و جهل
امام خمینی (ره) در آثار خود، مکرر از در افتادن به وادی استدلالگرایی بیم مي‌دهند. ایشان بر این باورند که استدلال‌ورزی فارغ از ایمان‌گرایی، نمي‌تواند انسان را به مقصد نهایی نائل کند. امام (ره) در کتاب «حدیث جنود عقل و جهل» نیز به این مساله اشاره مي‌کنند و شعر شهیر مولانا را مورد استناد قرار مي‌دهند: » ... اینها نیست جز آن که مذکور داشتیم که علم به این ارکان، غیر از ایمان است، چون قلب ما از این علوم خالی است و این ارکان را در قلب وارد ننمودیم، از علم خود نتیجه‌ای حاصل نکنیم. از اینجا معلوم مي‌شود که درست گفته آن که گفته: پای استدلالیان چوبین بود/ پای چوبین سخت بی‌تمکین بود". (شرح حدیث جنود عقل و جهل، ص95)

امام خمینی (ره) در جای دیگری از کتاب شرح حدیث جنود عقل و جهل نیز اشارتی به مولانا مي‌کنند. در بیان ویژگیهای نفس انسانی، ایشان بر این باورند که: » مبدأ همه‌ي مبادی در کمالات، معرفت است و ترک نفس و مبدا همه‌ي نقایص و سیئات، حسب نفس و خودخواهی است، و راه اصلاح تمام مفاسد، اقبال به حق است و ترک هواهای نفسانیه. مادر بتها بت نفس شماست". (شرح حدیث جنود عقل و جهل، ص338) این عبارت اشاره ای است به این بیت مولانا که : «مادر بتها بت نفس شماست/ زان که آن بت مار و این بت اژدهاست."

چهل حدیث
در کتاب چهل حدیث، امام خمینی (ره)، در باب تجلّی اسماء خداوندی سخن مي‌گوید. در آنجا و در تایید سخنان خود، عبارتی را از فیه ما فیه مولوی نقل مي‌کنند: «... و بعض قلوب، خوفی و حزنی است، و حق تعالی در آن قلوب به اسماء جلال و عظمت تجلی فرماید، و آن تجلی مشوب به خوف و حیرت مي‌آورد و مشوب به حزن. و در حدیث است که حضرت یحیی علیه السلام، دید که عیسی علیه السلام، مي‌خندد. با عتاب به او گفت: گویا تو مامونی از فکر خدا و عذاب او. حضرت عیسی (ع) جواب داد: گویا تو مایوسی از فضل خدا و رحمت او. پس خدای تعالی وحی فرمود به آنها که هر یک از شما حسن ظنتان به من بیشتر است، او محبوبتر است پیش من."

این عبارت را امام خمینی (ره) از کتاب «فیه ما فیه» مولوی نقل کرده است و در ادامه و در شرح آن توضیحاتی را بیان مي‌کنند.

انس امام خمینی (ره) با تفکر و اشعار مولوی سبب شده است که ایشان در پاره ای موارد، عباراتی از اشعار مولانا اقتباس کنند و برای فهم کلام خود به کار بندند. در بیان اوصاف خداوندی ایشان مي‌گویند: دست تصرف حق باز است و تمام دایره تحقیق بالحقیقه از اوست و دیگری را در آن راهی نیست، بلکه همه‌ي عالم ظهور قدرت و نعمت اوست و رحمت او شامل همه چیز است، و تمام نعم از اوست و برای کسی نعمتی نیست تا منعم باشند، بلکه هستی عالم از اوست و دیگری را راهی نیست تا به او چیزی منسوب شود، ولی چشمها کور و گوشها کر و قلبها محجوب است. » دیده مي‌خواهم سبب سوراخ کن". (چهل حدیث، ص346)
امام خمینی با استاد به عبارتی از مولوی، سخن خود را تکمیل کرده است. این بیت مولوی است که: «دیده مي‌خواهم سبب سوراخ کن/ تا حُجُب را بَر کَند از بیخ و بن."

تفسیر سوره‌ي حمد
مرحوم امام (ره) در تفسیر سوره‌ي حمد، فهم ناصحیح نسبت به برخی از ابیات مولوی را پیش مي‌کشد: «... یکی از اشکالاتی که یک کسی که اطلاع از مسائل ندارد مطرح مي‌کند این است که اهل عرفان مي‌گویند که «چون که بی‌رنگی اسیر رنگ شد» با این که آن شعر در اصل مربوط به این باب نیست؛ مربوط به حقیقت نیست؛ مربوط به جنگی است که بین دو تا انسان واقع مي‌شود و مقصود او را چون متوجه نشده‌اند از این جهت گفته‌اند که این کفر است با این که اصلاً ربطی به آن مساله ندارد. مساله‌ي دیگری است که این همه جنگها که در عالم واقع شده، سر چیست و اساساً چرا جنگ واقع مي‌شود. این رنگی که اینها مي‌گویند تعلقی است که بعضی شعرای دیگر هم در تعبیراتشان دارند. بی‌رنگی آن است که تعلقی نداشته باشد به یک چیزی از طبیعت. وقتی تعلق نداشته باشد به طبیعت، این نزاع واقع نمي‌شود. تمام نزاعهایی که واقع مي‌شود مال این است که انسان تعلق دارد به طبیعت و طبیعت را هم به واسطه علقه‌ای که دارد برای خودش مي‌خواهد. (تفسیر سوره حمد، ص178)

امام خمینی (ره) در این موضع، با تمسک به شعر مولانا که : «چون که بی‌رنگی اسیر رنگ شد/ موسيی با موسيی در جنگ شد"، اندیشه‌ي خود را تبیین مي‌کنند.

آداب الصلاه
مرحوم امام (ره) در کتاب «آداب الصلاه» در بیان ترک تعلقات نفسانی، از اندیشه و اشعار مولوی بهره مي‌برد. ایشان در این موضع چنین بیان مي‌کنند که: «مفتاح غیب و شهادت و باب الابواب عروج به کمال روحانیت خرق این حجاب است. تا انسان از نظر به خویشتن و کمال و جمال، متوهم خود است، از جمال مطلق و کمال صرف محجوب و مهجور است. و اول شرط سلوک الی الله خروج از این منزل است، بلکه میزان در ریاضت حق و باطل همین است. پس هر سالک که با قدم انانیت و خودبینی و در حجاب انیّت و خودخواهی طی منزل سلوک کند، ریاضتش باطل و سلوکش الی الله نیست بلکه الی النفس است. مادر بتها بت نفس شماست. (آداب الصلاه، ص8)

امام خمینی (ره) بار دیگر به این شعر مولانا استناد مي‌کنند که: «مادر بتها بت نفس شماست/ زان که آن بت مار و این بت اژدهاست."

در آداب الصلاه و در بیان مقامات عرفانی هم از اشعار مولوی در مثنوی مدد مي‌گیرد و مي‌گوید: «... این مقامات در قلوب قاسیه که جز از دنیا و حظوظ آن خبری ندارند و جز به غرور شیطانی یا چیز دیگر آشنا نیستند، سخت ناهنجار آید و به بافته‌ي اوهام آن را نسبت دهند، با آن که فنایی را که ما اکنون در طبیعت و دنیا داریم که به ما از تمام عوالم غیب که در هر جهت و حیثیت ظاهرتر از این عالمند، بلکه از ذات و صفات ذات مقدس حق جل و علا متشبث به ذیل برهان و استدلال مي‌شویم، به مراتب غریب و عجیبتر است تا آن فنایی که اصحاب عرفان وسلوک ادعا مي‌کنند:
حیرت اندر حیرت آمد زین قصص / بی هُشیّ خاصگان اندر اخصّ» (آداب الصلاه، ص253)

امام خمینی (ره) از افکار و اشعار مولانا مدد مي‌گرفت و در تبیین اندیشه‌ي خود به کار مي‌بست. مرحوم امام (ره)، بارها در آثار خود به عباراتی استناد مي‌کرد که مولانا در اشعار خود از آن بهره برده بود. مشی فکری مولوی را به وضوح مي‌توان در آثار امام خمینی (ره) دریافت؛ سلوکی که از منبعی واحد ارتزاق کرده است و به زبانهای مختلف بیان شده است؛ سلوک عرفانی.